SoftEther5 の ECDSA の証明書がインポートできない問題について、WebUi のほうは修正が入っているようですが、vpncmd のほうはまだ EVP_PKEY_RSA のみのようです。
従って、Let’s Encrypt の証明書をデフォルトの ECDSA に代えて RSA で発行することでこの問題を回避します。
letsencrypt-certonly-rsa.sh
#!/bin/sh
HOST="vpn.example.com"
certbot certonly \
-m vpnmaster@example.com \
--agree-tos \
--webroot \
--key-type rsa \
-w /usr/local/www/apache24/data \
-d $HOST